Για να φτιάξουμε καπονάτα (με μελιτζάνα και κρεμμύδια) αρχικά ρίχνουμε σε ένα τηγάνι, τόσο λάδι ώστε να καλύψει το 1/3 του σκεύους και το ζεσταίνουμε σε δυνατή φωτιά.
Τηγανίζουμε τις μελιτζάνες για περίπου 2 - 3 λεπτά, μέχρι να ροδίσουν από όλες τις πλευρές.
Βγάζουμε με τρυπητή κουτάλα και αφήνουμε σε απορροφητικό χαρτί να στραγγίξουν από τα περιττά λάδια.
Αφαιρούμε το λάδι από την κατσαρόλα, αφήνοντας μόνο 4 - 5 κουτ. σούπας (το υπόλοιπο λάδι το φιλτράρουμε και το κρατάμε για άλλο τηγάνισμα).
Ζεσταίνουμε το λάδι σε μέτρια φωτιά και σοτάρουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο για περίπου 3 - 4 λεπτά, μέχρι να μαλακώσουν ελαφρώς.
Ρίχνουμε τις ντομάτες, το ξίδι, τη ζάχαρη, το μπούκοβο, αλάτι και πιπέρι και μαγειρεύουμε για περίπου άλλα 10 λεπτά, μέχρι να δέσει ελαφρώς η σάλτσα.
Προσθέτουμε τις ελιές, την κάππαρη, τον μαϊντανό, τον βασιλικό, τις μελιτζάνες, ανακατεύουμε απαλά και αποσύρουμε από τη φωτιά.
Παράλληλα, σε μια βαθιά κατσαρόλα με άφθονο αλατισμένο νερό που κοχλάζει βράζουμε τα ζυμαρικά σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας.
Τα στραγγίζουμε και τα ανακατεύουμε με τη σάλτσα.
Σερβίρουμε τα καπονάτα (με μελιτζάνα και κρεμμύδια) και συνοδεύουμε με βαρελίσια φέτα.