Σύμφωνα με καταγραφές, οι Πολίτισσες μαγείρισσες, χρησιμοποιούσαν την μπεσαμέλ σε διάφορα φουρνιστά τους και κάποιες φορές την επέλεγαν και για τον μουσακά. Τις περισσότερες φορές όμως κάλυπταν το φαγητό με ροδέλες ντομάτας, για να μείνει ζουμερό και να μην ξεραθεί στο ψήσιμο.
Η αρχική εκδοχή του μουσακά (η λέξη είναι αραβική και σημαίνει πάνω κάτω «κάνω ζουμερό») ήταν ένα αγροτικό πιάτο που μαγειρευόταν όλο τον χρόνο, με βασικά συστατικά τον αρνίσιο κιμά και ένα εποχικό λαχανικό: μελιτζάνες, πατάτες, κολοκύθια, φασολάκια, μπάμιες, πράσα, πιπεριές, λάχανο και άλλα. Αντί λαχανικού, μπορούσε να χρησιμοποιηθεί όσπριο, όπως τα ρεβίθια ή τα φασόλια. Ο κιμάς ψηνόταν ξεχωριστά, με κρεμμύδια και λίγα μπαχαρικά, ενώ τα λαχανικά ψήνονταν στο μαγκάλι και αποκτούσαν θαυμάσια καπνιστή νοστιμιά. Τα υλικά ενώνονταν στο πιάτο, σε δύο διακριτές στρώσεις: μία με λαχανικά και μία με κιμά. Από πάνω δεν έμπαινε μπεσαμέλ που όλοι γνωρίζουμε τώρα. Κατά μία θεωρία, η μπεσαμέλ είναι σάλτσα που έφτασε στο παλάτι από τους μαγείρους που εκπαιδεύονταν στο Παρίσι, ενώ κατά μία δεύτερη την εισήγαγε ο Νίκος Τσελεμεντές, σε μια προσπάθεια να εξευρωπαΐσει το ανατολίτικο αυτό πιάτο (και κατηγορήθηκε σφόδρα γι’ αυτό). Οι Ρωμιοί αγαπούσαν τον μουσακά φτιαγμένο με οποιοδήποτε λαχανικό, αλλά οι Τούρκοι τον προτιμούσαν με μελιτζάνες, ενώ αντί λαδιού τσιγάριζαν τον κιμά σε άφθονο πρόβειο βούτυρο. Για όλους ήταν ένα φαγητό απλό αλλά συναρπαστικά νόστιμο, με γεύση αρχοντική, παρά τα ταπεινά υλικά του.
